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Ecole Principale :
AgroParisTechAgroParisTech

Langue du programme : Français

Lieu Formation :
Les enseignements ont lieu à AgroParisTech, sur le site de Paris. Logements Les étudiants sont intégrés au sein d’AgroParisTech sur son site de Paris avec unaccès à l’ensemble des structures de l’école (bureau des élèves, animation étudiante, installations sportives, salles informatiques, etc.). Les étudiants ont la possibilité de postuler aux logements étudiants d’AgroParisTech. Bourses d’étude Bourses sur critères sociaux, et sur critères universitaires du Ministère de l’Alimentation, de l’Agriculture et de la Pêche. Il est recommandé aux candidats étrangers de ne pas attendre leur admission, mais d’entreprendre en même temps que leur candidature, des démarches pour l’obtention d’une bourse auprès des instances de leur pays d’origine.

Admission :
Accès en M1 : sur dossier pour les titulaires d’un L3 de biologie. Rendez vous le 10 mars pour l’ouverture du site de candidatures à cette adresse : Les candidatures 2012 au master STVE sont ouvertes. http://candidatures.agroparistech.fr/ Clôture des candidatures le 31 mai 2012 scolarité du master Les courriers postaux peuvent être envoyés à : DEVE - Mission master 16 rue Claude Bernard F-75231 Paris Cedex 05

Crédits ECTS : 60

Durée : 2 Semestres

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Master
M1. Mention Biologie intégrative (STVE)
Biologie intégrative

Site Principal du Programme :
Contexte : La biologie fait face à de nouveaux défis, interpréter de grandes masses de données et à des échelles variées pour comprendre l’organisation du vivant. C’est l’objectif de la biologie intégrative. La biologie intégrative ou comprendre la complexité du vivant ?

La biologie intégrative ou comprendre la complexité du vivant ? Comment comparer les génomes ? Comment relier un transcriptome et un protéome ? Comment comprendre les flux métaboliques ? Comment reconstruire la complexité d’organisation d’une cellule ou d’un organisme en 3D ? Comment modéliser une fonction de la molécule à la population d’individus ? Comment prédire les bases génétiques ou génomiques d’un phénotype ? Ce sont des exemples de questions que le Master STVE mention Biologie intégrative aborde au travers de cours, travaux dirigés, et stages en laboratoires. Elles définissent un socle de connaissances et de compétences qui s’intègrent dans les approches d’ingénierie du vivant, de biologie synthétique et de façon plus générale dans l’étude des grandes fonctions des organismes vivants.

Objectifs : La biologie intégrative a pour but d’étudier (décrire et comprendre) le fonctionnement d’un organisme vivant dans sa complexité. Un organisme, un fragment de tissu ou même une cellule sont des systèmes complexes. Ces systèmes regroupent de nombreuses fonctions physiologiques qui interagissent entre elles. Un organisme vivant ne peut être réduit ni à un ensemble aussi complet soit-il de séquences géniques, ni à un ensemble quantifié de relations avec son environnement ; c’est bien l’interaction entre ces deux ensembles qui constitue l’objet d’étude de la Biologie intégrative. Le Master 1 de la mention Biologie Intégrative combine des séances de cours, de travaux dirigés et de travaux expérimentaux en Biologie moléculaire et cellulaire pour illustrer les nouveaux outils et concepts des technologies "OMIQUES" ; ainsi quedans les disciplines de Physiologie et Ecophysiologie pour illustrer les approches aux échelles de l’organisme et de la population. Les concepts d’analyse multi-échelles seront en particulier développés avec des approches de statistique et de modélisation. Les étudiants seront amenés à traiter des jeux de données et à réaliser des expérimentations au travers d’exemples dans les systèmes végétaux, animaux et microbiens.

Contenu : 1-Un tronc commun (septembre à janvier) avec des enseignements généraux (anglais, statistiques), des enseignements dédiés (Biologie intégrative, initiation à la recherche, épistémologie) et un projet théorique et pratique (initiation à la recherche).

Des modules optionnels avec 6 modules au choix parmi une offre de 40 modules
Un stage en laboratoire (2 mois)

2-Modules optionnels : (27 ECTS)

La mention Biologie intégrative offre 3 séquences de 6ECTS et 3 séquences de 3 ECTS. Les étudiants devront suivre :
1 module obligatoire (6ECTS) en pré-requis au M2 souhaité
4 modules optionnels (18 ECTS) choisis parmi la liste jointe
1 module optionnel de 3ECTS totalement libre à choisir dans la liste des offres AgroParisTech

A titre d’exemple, voici quelques modules optionnels que vous pourrez suivre :

Adaptation des Plantes à l’Environnement
Biotechnologies animales
Mécanismes et évolution de la pathogénie : interactions cellulaires
Approches globales pour l’analyse du vivant
Du sauvage au domestique : évolution, places et rôles de l’animal dans nos sociétés
Les semences : de la biologie à la filière
Introduction à la biologie des systèmes
Bioingénierie des protéines et applications industrielles

3- stage en laboratoire à partir de fin mars de deux mois minimum (12 ECTS). Soutenance du stage mi-juin.

Exemples de stages en 2011 :

Évaluation de la qualité nutritionnelle du riz en cours de germination à l’aide d’un dosage biologique par la levure
Analyse de la variabilité épigénétique chez les clones bovins par une approche gènes candidats
Confirmation d’un QTL majeur de résistance au virus de la septicémie hémorragique virale dans des clones de truite arc-en-ciel
Ca²+ et régénération du foie : Impact de la signalisation calcique intranucléaire sur la prolifération hépatocytaire
Contribution à la caractérisation de la transformation génétique de Brachypodiumdistachyon
Caractérisation et rôle des fibrillines dans la réponse au stress photo-oxydatif chez Arabidopsisthaliana

Compétences acquises : Le Master STVE d’AgroParisTech met l’accent sur la formation par la recherche au profit de champs et objets sociaux liés au vivant et à l’environnement. La formation à la démarche scientifique proposée comprend une formation disciplinaire relativement large dans le champ de la mention « Biologie Intégrative ». Elle comprend également des formations de base et d’ouverture, nécessaires à l’appréhension et à la connaissance de la complexité du vivant et de l’environnement. Les étudiants suivront des enseignements spécifiques et des enseignements proposés par d’autres mentions et/ou par le parcours ingénieur. La mention "Biologie intégrative" se caractérise par un enseignement privilégiant l’interactivité, le travail sous la forme de projet et l’ouverture sur l’extérieur (intervenants externes, laboratoires de recherche). Un tuteur est attribué à chaque étudiant. Le rôle du tuteur consiste àguider l’étudiant dans sa scolarité (intégration dans l’école, choix des modules d’enseignements, choix de la spécialité de M2) et dans la construction de son parcours professionnel.

Débouchés : La mention Biologie Intégrative ouvre sur plusieurs spécialités M2 :

Sciences du végétal ... Comprendre les grandes fonctions de la plante (biologie cellulaire, développement, métabolisme), les interactions plantes-microorganismes
Génétique animale, génome et diversité ... A
pproche pluridisciplinaire de la génétique animale, qui est appréhendée à différentes échelles organisationnelles, depuis la molécule jusqu’aux populations, ainsi qu’une vision internationale du domaine
Reproduction et développement ... Former aux concepts, aux méthodes et aux pratiques de la recherche fondamentale, clinique et appliquée en reproduction et développement animal.
Bioingéniérie des molécules ... Former dans les aspects moléculaires et structuraux de la biologie, tout en maintenant un lien solide avec les approches plus intégrées de la biologie cellulaire, du développement des organismes, et des stratégies thérapeutiques issues des progrès de la génomique et de la chimie.
Agents infectieux :interaction avec leurs hôtes et l’environnement en savoir plus… Étudier les agents infectieux compte tenu de leur importance en santé publique mais aussi par rapport à la biodiversité et à l’environnement.
Biologie Systémique et Synthétique … Formation à la Recherche trans-disciplinaire en Biologie Systémique ou Synthétique avec une expérience en Biologie expérimentale, en modélisation et design.

Dernière mise à jour : Thursday 19 April 2012

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